La congregazione fu fondata dalla nobildonna Marchesa Leonilda Gómez y d'Arza, in religione donna Gertrude Maria.[2]
Oblata benedettina, nel 1903 aprì a Napoli una casa per ospitare le giovani operaie e la pose sotto la protezione di santa Gertrude la Grande. Nel 1910 l'opera fu estesa alla cura delle orfane e delle ragazze povere e abbandonate.[3]
Il numero delle assistite crebbe rapidamente e nel 1911 la sede dell'opera fu trasferita in un monastero di via Santa Monica. Per la cura e l'educazione delle orfanelle, pensò di fondare una congregazione e, con il permesso di papa Benedetto XV, il 5 ottobre 1916 donna Gertrude Maria vestì l'abito religioso ed emise la professione.[4]
Le costituzioni delle benedettine di Santa Geltrude furono approvate da Michele Zezza, arcivescovo di Napoli, il 16 novembre 1923. La comunità ricevette il pontificio decreto di lode il 19 febbraio 1935 e il 15 maggio 1956 la Santa Sede approvò la sua trasformazione da monastero sui iuris in congregazione religiosa di diritto pontificio.[4]
Il 26 gennaio 1966 la congregazione fu aggregata alla confederazione benedettina.[4]